吴禄贞的被害也一直是个谜。
一种意见，是清皇室主🛌使周符麟、马💺🖼🗾步周暗杀了吴禄贞。
持这种说法的人认为🚝，清🔄♫廷对握有兵权的袁世凯甚感恐慌，因而起用反袁的👫吴禄贞为第六镇统制，想以此来实现以吴制袁的目的。
武昌起义后，吴禄贞联合革命党，屯兵威胁京师🐝，这是清廷始料不及的，所以清皇室要派人暗杀吴禄贞。
杨玉如著的《辛亥革命先著记》就说“清廷以禄贞行动威胁清廷，遥助革命党，深加痛恨和恐惧。奈当时军威已替😚，又不敢显示其非，明正其罪，恐致激变，只得用二三权臣卑劣之🝋🉥计，密购绿林贼盗往石家庄将吴禄贞刺死。”
张难先所著《湖北革命知之录》也🔟说“军咨府大臣载涛，知马步周、周符麟与吴禄贞有隙，就秘密将他二人叫到北京，许以二万两银子，并许📃😋⛙将来保他们升官，教他们刺杀禄贞。”
罗正伟编的《滦州革命先烈事略》则认为是“良弼知禄贞📎🙰🎅有异，乃重贿啖其部下原第十二协统周符麟🐿往刺之。”
吴禄贞是良弼一手提拔，当他知道自己一直🕚是被吴禄贞所骗，便恼羞成怒。欲致对方于死地，是很正常的。
然而，当时的直隶总督陈夔龙在《梦蕉亭杂记》中说吴禄贞“为项城（即袁世凯）遣人暗杀”。曾在🐿袁世凯的亲信随从唐天喜家做📗🛀🙓过家庭教师的任芝铭在回忆录中说唐天喜告诉他，是袁世凯主使周符麟、马步周暗杀吴禄贞的。
任芝铭认为，北洋军队一向由袁世凯所控制，清政府把🛆吴禄贞安插在北洋六镇中来抑制袁世凯，必然引起袁🌠世凯的忌恨；况且吴禄贞一上台🉃就联合革命势力，截留清政府运给袁军的军火列车，使袁世凯面临南北革命军夹击的形势。
所以唐天喜说“老头子（袁世凯）不止一次说要杀吴禄贞。”再说，清政府大兵南下攻打革命军去了，京畿空虚🏄🗢，怎么敢加害🎘重🏙兵在握的吴禄贞。
张国淦编著的《辛亥革命史料》写道，当时的军咨府💪第二厅厅长冯耿光说吴禄贞与载涛、良弼关系很好，他们🇽🞆👻曾多次密议铲除袁世凯的方法。📃😋⛙
吴禄贞的存在，不仅🚝对清廷是个严重威胁，对袁世凯也是个极大的障碍。清廷和袁世凯都有可能谋杀吴禄贞，因此以上两种说法各有所据。
吴禄贞🖂的参谋何遂却提出了另一种看法，他认💋为是清和袁世凯共同主谋暗杀了吴禄贞。
他说，军咨府第三厅厅长陈其采是清廷所派，去石家庄监视吴禄贞的行动，周符麟则是受袁世凯指☆派。
周符🂫👫麟到♰🌃☃石家庄，召集部分军官密谋暗杀事宜时，陈其采也参加了。马步周就是被他们共同收买，去暗杀吴禄贞的。
段祺瑞的长子段宏业，事后还在何遂面前称赞马步周，说“马步周是🙛🗟英雄，够朋友，他的🞰🗴☋行动省了不少的事。”
所以清廷派😌⛩🝈陈其采、袁世凯通过段祺瑞共同主使马步周🛆🛆暗杀吴禄贞。
不管🂫👫吴禄贞的被🚩害是否与袁世凯有关，但他的死袁世💪凯肯定是最大的受益者。
北方的革♰🌃☃命党没🚩有统一的组织，吴禄贞被害后因失去“马首”，而更加处于各行其是、各自为政👪的状态。
为了有一个稳定的后方，袁世凯的一个重要手段是利用汪精卫，对北方的革命党的活动加以控制和压制，以此为南😚北议和创造好🏙的条件；汪精卫也对此做出了很大的努力。
比如，其中之一就是发动那场所谓的💺🖼🗾十一月二十🐝九日（农历十月初九）🚐北京起义。
这次北京起义最初的计划是由袁世凯和汪精卫策划，由袁世凯暗中运筹和指挥。为了这次行动，袁世凯资助革命党发🝒动费五千二百元，另由津、京同盟会出二千八百元。