郭君镇、刘希尧和蔺养成在武昌会师以后，又获得了高一功和湖北绅商耿应衢的全力支持，在补充完种种水师作战所需的辎重物资以后，便千帆并进，顺流东下，直趋九江城下。
九江一役，闯军作战计划完全由郭君镇一手拟定。郭君镇性情乖张霸道，眼高于顶，他没有和武岳节度使高一功以及刘希尧、蔺养成两位水师统帅商议，就直接确定了先攻小池口的战略方针。
郭君镇断定小池口城小狭窄，难以抗衡闯军水师船只运载的火炮。而且九江的供给，多由小池口方面用小划船运至。罢黜小池口，撤其犄角，固我藩篱，可以解决之后攻取九江的后顾之忧。
因为明军疏于防范，楚闯水师以小船夜袭，轻易得手，随即又派兵登上江岸，袭烧了后山营垒，赣勇因此大溃北逃。
至此日天明，江西总督袁继咸原本设置在桂家昄、渡河桥一带十余座营垒亦被毁平。之后郭君镇才派出蔺养成率部行动，蔺养成是革左五营中最先投靠李来亨的豪帅，所以他虽然也不满郭君镇盛气凌人的态度，但依旧听命行事。
闯军水师派出炮船，移营小池口驻泊，狂轰滥炸，用新铸红夷炮击毁城外坚垒数座，充分发挥了水师的火力优势。袁继咸修建的石城工事遭到严重破坏，守军甚至不敢站立到女墙上防守，城内也不敢举炊。
第三天，郭君镇和刘希尧完成总攻准备，陆师登岸强攻城门，闯军将士们将早已准备好的稻草堆叠在地上，障身而进，顷刻之间，就把壕沟填满。
小池口守军士气完全崩溃，陆续放下武器投降，九江失去特角，补给完全切断，形势已然孤立。
但是九江一带毕竟地势险要，虽然赣勇战力不强，可是袁继咸却是一个很有才干的督抚大臣，又获得了江西士绅的鼎力支持，陆续将九江守军增加到了明军官兵六千余人、赣勇一万余人之多。
江南明军中最善战的勇卫营大将黄得功，也派遣数千兵马到九江协防。
正当袁继咸获悉小池口失守而紧锣密鼓加强九江防守的时候，郭君镇抓住明军全力注重九江防御的好机会，密令蔺养成分派小划船及北岸陆师快速前进，出其不意地攻袭湖口要塞，再剪除九江下游犄角。
湖口是长江锁钥，天险林立，绝壁悬岩，水流湍急，使人望而生畏，极难攻克。蔺养成率领的渗透部队，又缺乏炮船，兵力数量也不多，但他潜行迂回，出乎敌人的意料之外，埋伏于湖口后山，等待水师攻击后偷袭。
负责防守湖口的明军将领田雄是黄得功的部下，可是田雄麻痹大意，对于蔺养成的行动茫然无所知。当闯军水师主力对九江展开牵制性进攻的时候，蔺养成也密令渗透至湖口附近的众多小划船放火船袭扰湖口要垒。
当田雄的注意力完全被江面上的水师吸引以后，蔺养成便亲率陆师，在湖口后山发动冲锋，陆师由山顶俯冲而下，勇卫营猝不及防，出营奔溃。
这一支部队本来是袁继咸极为仰仗的明军精兵，却因为田雄的失误，导致未经一战便自行奔溃。守卫九江的江西本地军队，受此影响，军心大乱，不复能战。
郭君镇趁机下令各部发动总攻，与刘希尧一起陆续攻破石钟山和梅家洲等处赣勇营垒，势成摧枯拉朽。
到这天晚上，蔺养成率领渗透的陆师奇兵部队登城，郭君镇则分道水陆截击，闯军得以攻破湖口要垒。田雄率军溃围逃走，袁继咸闻讯以后，扼腕叹息，他向北方朝拜一番以后，便欲投水自杀，但跳水后侥幸未死，又被幕僚救起逃去南昌。
另有一群赣勇防守的小孤山要塞，本来也是九江、湖口一带的坚垒之一，此时获悉湖口被蔺养成偷袭得手的消息后，马上就派人向郭君镇献上降表，主动投降。
刘希尧和蔺养成都赞成接受赣勇的投降，可是郭君镇认为困守小孤山的这些赣勇，根据附近百姓所言，烧杀抢掠，以他们为最。所言郭君镇坚决反对接受这支赣勇部队的投降，反而有意将他们彻底消灭。
他的顽固引起刘希尧、蔺养成两人强烈不满，特别是蔺养成自认为奇袭湖口成功，虽然作战计划是由郭君镇拟定的，可是具体作战过程中也是因为自己临机指挥灵活多变，从敌人侧后迂回，才收取全胜。
郭君镇一点不看自己刚刚战胜的面子，当众反驳、训斥自己的意见，当然让蔺养成感觉分外丢脸。
之后还是因为高一功出面斡旋，提出应当沿袭李来亨的旧制，用公审大会的方式处置手上有血债的赣勇，才稍稍化解了三将间的对峙情绪。
这时候虽然田雄已经逃窜，袁继咸又落水受伤逃亡南昌，但是依旧有部分明军，特别是一些战斗力较高的勇卫营余部防守着江西与安徽交界处的彭泽、马当。