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“黑客帝国”的剧情其实也并非有多么复杂，全剧本总共可以区分为两个大场景，一个是现实飞船一个是矩阵母体。陈天都是按照先拍矩阵母体戏份，拆分场景来拍摄的。尽管脱离剧情顺序，可剧组经过了一个多月的磨合之后，众多的演员都逐渐的融入了角色之中，剩下的就是按部就班拍好戏。
电影的看点也在矩阵母体的戏份上，特效和动作的结合是关键。
陈天都对特效非常重视，一有时间就会跟迈克尔辛基探讨颇多技术性问题。
“老板，你看，这就是运动捕捉技术。”迈克尔指引着陈天都观看几个正在负责示范的员工做着肢体动作，他们穿着黑色的感应衣，身上贴满了感应贴片。“演员按照剧情的需求，表演出的各种动作，都会将信号传递到感应器中。摄影机捕捉下他的动作，再经过设备传输到电脑上，所以我们可以实时看到效果。”
“电脑特警夺舍变身的镜头，全靠它们来完成，可以做到非常逼真。”
几个工作人员正在给演员穿上黑色紧身衣、身上各处贴满了白色传感贴片。只见屏幕上的软件窗口出现了一个在活动的绿色三维模型，正是前面演员的动作。
陈天都点点头，琢磨道：“如果要构建动画人物，是否也要用到动作捕捉技术？还需要其它的什么技术手段吗，譬如绘像技术……”
“是的，那需要3d建模，不过我们工作室的动作绘像技术比不过梦工厂，更别提皮克斯了。我们的水平只能做到模仿动物皮毛的程度。”他有些丧气。
陈天都拍了拍他的肩膀道：“没关系，我们才开始起步，后面多的是进步的机会。给我看看子弹时间弄的怎么样了？”
“好吧，跟我来。”迈克尔－辛基又突然有些兴奋，“经过一开始的那次将小型的发射器绑在摄像机上，高速移动的拍摄导致摄影机爆炸的方法失败之后，我们又尝试了很多。后来我们得到一个方案，就是在拍摄目标周围摆满一圈的摄像机，这能让摄像机连续地快速捕捉每个镜头，然后再对这些镜头进行处理。”
“成功了吗？”陈天都问道。
“是的，办法虽然很笨拙，但是效果非常明显，我们做出了子弹轨道特效。”迈克尔笑道：“老板，这是一个创举。之前的特效几乎全部仿照电视广告，音乐录影带或其它电影中的方法，而这个特效不同。可以说它具备独特魅力，是我们工作室的首创。”
“很好，大家都辛苦了。尽快完善它，不要将弹道做得太违和，我想电影很快就需要用到它。”
……
“action！”
镜头中拍摄的一幕是尼奥首次面见先知之后，撤退的时候遭遇叛徒出卖，被电脑特警包围的场面。
一行人从墙缝通往下水道逃脱，真正拍摄的时候无法找到这样好的拍摄环境。所以临时在巨大的摄影棚内搭建了一堵下水管道勾结的墙。叛徒故意咳嗽，引起了特警的主意，开枪朝着墙壁里狂扫。
史密斯赶到，一掌穿透了墙壁就要抓住尼奥往外拉。墨菲斯大吼一声，一头撞破墙壁将史密斯扑倒在地。
“墨菲斯！”崔妮蒂大喊。
“快把尼奥带走，成败的关键就在他身上。快走，go！”
特写镜头从侧面拍摄墙壁两面的镜头，将几人的面部表情成功捕捉。在一个特写镜头里，陈天都面部表情复杂，因为他饰演的尼奥刚才面见了先知，却被告知并不是救世主。他心里却多少有点憧憬的，可现在墨菲斯要为他牺牲，所以表情有些狰狞，一只抓着墙上栏杆的手臂上青筋暴起，显露出他的心情十分矛盾。