要想商路畅通，漕运就必须要整治，当然按照历史发展来看，漕运这项得不偿失劳民伤财滋生腐败的奇葩制度是必须废止的。但在港口建设海路扩展之前，作为大明南北经济大动脉，漕运必须要维持下去。
改革漕运首先是杜绝腐败，要让朝廷发放的俸据真正下达，还要合并关卡，把沿途一些可有可无的关卡部关停，这样就能精简冗员，清退掉一大批依附于运河之上的吸血鬼。
当然，这个过程可能会很艰难，运河沿岸各个城市都是青皮无赖乃至漕帮活跃之地，要改革就要拿掉他们吃饭的家伙，自然会遭受很大阻力。
还要清退一些不合格的漕兵，据朱由检所知，从涿州到瓜州，从临清到扬州，数千条漕船，数百个码头关卡上还活跃着数万形若乞丐衣衫褴褛的漕兵，如何安置这些人，也是个大问题。眼下能想到的无非是让他们屯田或者加入藩王军。
除此之外，改革之后，漕运将减少宫廷采办份额，尤其要禁止太监借采办之名，肆意搜刮，整个漕运要逐步向私商开放，并且尽最大可能减少商船通行费用，这样才能真正高效利用这条黄金航道，做到大江南北互通有无。此举势必影响到沿途商户利益，必然遭到他们强烈反对。
然而时值乱世，一步走错都会给改革者带来灭顶之灾。
崇祯初年，朱由检改革驿站，改出了个闯王李自成，崇祯末年（这年号太晦气，朱由检多次想要改了）改革漕运，别再搞出个张闯王，马天王。
正所谓：莫道石人一只眼，挑动黄河天下反！
只要漕运畅通，物质充沛，便能养活更多军队，便能加固城防，修建堡垒，仿照袁崇焕在辽东做的那样，将整个京畿地区变成一座巨型堡垒。真正到了那时，何惧建奴，何惧流贼？
然而现实是惨淡的。
经过叛军一番折腾以及紧随其后的平叛之战，整座京师损失惨重，虽然没有史书中常见的十室九空家家死绝那么夸张，但百业凋敝，民生困苦是不争的事实。
据户部尚书倪元璐密报，战火之后，京师百姓伤亡者五万余人，房屋被烧毁一千余间，无家可归者不计其数。
尤其让崇祯皇帝揪心的是，京城八大晋商被彻底打残后，城内原本繁荣发达的商业完陷入瘫痪，粮食布匹存货告急，即使是高出平日两倍价格还是被人疯抢一空，几家掌柜索性关门闭市，就连平日滞销的煤炭因为没有了货源也早被哄抢一空。
新任漕运总督王长亮惊讶发现，从临清过来的漕运船大都空空如也，小部分装有些陈米旧粮，运抵京师的细粮不及平时的三分之一。
不仅数量少，而且质量次，一个司膳监的押送太监竟然纵容漕兵在一万石粮食中掺杂两千石沙土充数。朱由检勃然大怒，派王鑫沛审问之后，才知道在扬州，在瓜州，在运河沿线的各个粮食集散地，粮商们听说京师战火，晋商覆灭，都不愿再运粮过来。
这位太监倒是忠心耿耿，硬着头皮凑了几千石陈粮回到京师，不少同僚则直接跑路，弃崇祯皇帝不顾。
这也难怪，押送漕粮的漕兵官吏，外派太监们大都靠陈演等大佬上位。所谓树倒猢狲散，现在陈演李国祯一伙完蛋了，而且还犯下弑君叛国的滔天罪行，差点刺杀了朱由检。
万一朱由检气昏了头，仿照成祖朱棣那样搞一个灭十族，这些虾兵蟹将恐怕一个也跑不了。
京师未定，稍稍有点政治头脑的人都知道要远离是非之地，为何要傻到去京师送死。
再说，临到崇祯年间，兵灾水灾，押送漕运早已不是个肥差，遇到祸不单行的时候，一会儿清兵入寇，一会儿黄河改道，外加朝廷摊派，负责押送漕船的人必然贴钱，总之，这样卑微的差事不做也罢。
漕运凋敝早已是崇祯皇帝预料之中的事情。只不过，这次情况远比预想的更加糟糕，除了朝廷御用的漕船，就连那些一心逐利的私商，也不再看好京师这块市场。
少部分粮商将粮食运到京师，要么口出狂言，非晋商不卖。要么坐地起价，将粮价哄抬道原先的四倍五倍。
这样一来，北京城内的其他商人，如浙商，汉商，根本无力接盘，原因自然很简单：他们没钱。