在成为一名谍报人员开始执行任务之后，一直都认为自己的养母始终都和孤儿院的那些小伙伴们生活在一起，药师兜不知道，宇野乃事实上早就再一次成为了谍报人员，开始为木叶打探起了其他国家的情报。
而认定只要自己肯为团藏做事，那么药师兜就绝对不会成为一个见不得光的根部忍者，宇野乃更是被团藏定期带来给她的照片，彻彻底底地欺骗了。
在一开始的时候就找好了与药师兜长得相似的小孩，随后通过给这样的孩子拍照片的方式，哄骗看到了照片的宇野乃，团藏仅仅只需要借助“小孩子们生长发育快，因此成长变化也非常大”来作为借口，自然就可以在拉开了足够长的时间之后，让宇野乃相信照片上的孩子，事实上就是药师兜。
伴随着时间的推移，不断地使用其他人的照片来误导宇野乃，让她相信她所看到的人事实上才是药师兜，志村团藏就这么用一个完全与之不相干的陌生人，一点一点地慢慢顶替了药师兜的身份。
并不知道自己在宇野乃眼中已经成为了一个彻头彻尾的陌生人，而那个被找来的冒牌货，才是院长心目当中真真正正的药师兜，药师兜就这么在为根部效力了五年多之后，遭遇了人生中让他感到最为痛苦的事情。
因为药师兜和他的养母宇野乃一样，在谍报方面非常的有天赋和能力，因此，当把这样的人用到了极限之后，志村团藏就不愿意再继续使用他们，并且也对他们感到非常的不放心了。
毕竟，无论潜入了任何一个村子，都能够顺利地得到这个村子里的人的信任，并且从这个村子里面套取到情报，这样出色的谍报人员，假如有某一天背叛了自己的祖国，那么，凭借他们出色的表现和能力，祖国的人在短时间内事实上也没有办法判断出，这样的人是不是已经背叛了自己的祖国。
因此，正是因为志村团藏认定，自己已经没有办法再继续掌控药师兜和宇野乃，与此同时也根本就不再放心他们，他才会在觉得两个人知道的事情实在是太多了的情况下，决定将他们两个人杀人灭口。
宇野乃一门心思想要让为了孤儿院而默默奉献的药师兜重获自由，因此，面对着志村团藏提出的提议，她并没有选择拒绝。
认定只要自己完成了对目标对象的暗杀，那么离开孤儿院多年的药师兜就一定可以获得自由，宇野乃就这么为了拯救自己心爱的孩子，而在完全不了解真相的情况下，对当时正潜伏在其他国家的药师兜进行了暗杀。
多年来一直都在拼命地为了木叶忍者村打探情报，并且把孤儿院视为了自己的归宿，药师兜面对着执行任务过程当中，忽然间向他发起进攻的人，自然会认定是自己的潜伏作战失败了，而察觉到他身为谍报人员的真实身份的敌人，这一次就是来取他性命的。
为了保住自己的一条命，顺利地从敌国逃走，因此在对方发起进攻的时候，就积极地进行战斗，药师兜直到自己干脆利落地给予了对方致命一击，这才在忽然间发现，自己方才与之战斗的人并不是敌人，而是药师宇野乃。
虽然并不明白为什么自己视为母亲的院长会忽然间出现在这个地方，并且对他痛下杀手，药师兜的第一反应依旧是立刻展开急救，保住宇野乃的性命。可是，早就已经不可能认出真正的药师兜的宇野乃，却在深受重伤命悬一线的时候非常疑惑，为什么自己的敌人会想方设法地想要拯救自己。
眼看着自己的养母，根本无法认出自己，因此在精神上遭受了巨大的冲击，药师兜在已经因为自己与院长之间进行的战斗而弄出了声响的情况下，自然不可能在真正的敌国忍者包围过来的时候，依旧傻傻地停留在原地。
无奈之下只能放弃了继续治疗本来就不可能存活下去的药师宇野乃，药师兜就这么在逃出了自己潜伏的这个村子之后，在村子外面遇到了大蛇丸。
按照志村团藏的想法，这样一对能力出众的养母子，肯定会通过他设下的骗局自相残杀，而经过这样一番厮杀之后活下来的那个人，则会被一直以来都与他有着合作关系，因此表示愿意在这件事情上帮忙的大蛇丸给杀掉。
但是事实上，在当初还没有叛逃离开自己的村子的时候，就已经因为药师兜所具有的素质和能力，而认为这是一个能够为自己所用的人，大蛇丸就这么在忽然出现之后，非但没有杀掉自己面前的少年，反而还用一番非常巧妙的话语，说服了他。
在心中充满了疑惑的情况下去往了大蛇丸的基地，药师兜就这么从他的口中得知了过去这些年来发生的往事，并且弄明白了为什么孤儿院的院长，会对他痛下杀手。
把院长视为自己的母亲，把孤儿院当做了自己的家，药师兜在错手杀害了自己的养母的情况下，更在忽然之间意识到，自己事实上早就已经在多年前，被一个陌生人给顶替了。
小的时候本来就因为受伤失忆的关系而不知道自己究竟是谁，长大之后又因为这样的阴谋算计而彻底失去了自己的归宿，药师兜就这么在饱受巨大的精神冲击之后，选择了留在大蛇丸身边。
而他留下来的原因，也并不是因为自己想要得到力量，而是，他想要弄明白自己究竟是谁，想要找到自己人生的意义，以及自己继续存活下去的理由。
在上辈子大蛇丸被佐助抹杀之后，失去了如同人生导师一般的人物，药师兜为了能够继续探索自己人生的真谛以及意义，因此选择继续走在大蛇丸曾经行走过的那条道路上。
所以，打从一开始就对名利、金钱、地位、力量没有什么执着，药师兜这才会成为了最终发动第四次忍界大战的其中一个人，并且想要借助这场规模浩大的战争，得到帮助自己继续在大蛇丸的道路上走下去的必要东西。