五天后，水师舰队抵达了台湾淡水港1,。
回来台湾之后，岳云便立刻召集岛内众官员和军队中都指挥使以上级别军官，在台北城府衙前的广场上宣读了朝廷的圣旨，称海外都护府正式建立，府衙就设在台北城内，将原来的台湾府衙改为海外都护府府衙。.
同时，岳云宣布由于台湾府升格为海外都护府，加上现在辖区已不止台湾一地，还包括吕宋州、琉球群岛和日本的迩摩郡、鹿儿岛、横滨城，所以要对机构设置进行重新安排。
海外都护府设大都督一名，由岳云担任，下设内政部、财政部、外交部、情报部、科技部、国防部六大部门。
内政部主要负责都护府内的民生、道路维修、城池建设、码头维护、矿产开采、人员登记管理，协调内部各州县的事务。部长由刘一宁担任。
财政部主要负责都护府内的收税、收支预算、财政拔款等事务。由李雨柔任部长。
外交部主要负责与都护府外的国家和地区联系交往，包括签订条约、对外贸易，保护都护府民众在他国的利益等。部长由薜源担任。
情报部主要负责收集海外都护府的内部及国外的情报。部长由巩月漓担任，分为对内调查司和对外情报司，分由巩义和巩勇担任司长1,。
科技部是由原来财政部下属的火器制造局提升而来的，主要负责各项科技的研发，及兵器、船只制造。岳云特地交给情报部一个任务，就是搜罗那些精通奇技淫巧的匠人，想方设法挖到台湾来。科技部的部长由陈规担任，目前只设了武器制造局、造船厂、农作物研究院三大机构，分由苏永贵、高宣和陈旉任负责人。
国防部主要负责士兵招募训练、保卫海外都护府的领土不受侵犯，按都护府的命令承担对外作战任务。部长由虞允文担任。下分陆军和海军两大兵种。
陆军都统为张宪。分为骑兵军、步兵军和火器军，分由岳雷、陆文龙和关铃任统制。
海军分为北海舰队和南洋舰队。
北海舰队的主要作战范围为高丽、日本、金国及台湾以北的江浙、琉球一带沿海区域，舰队司令由杨月担任。下属三大驻防舰队，分别是日本驻防舰队、琉球驻防舰队和台湾本土驻防舰队。其中台湾本土驻防舰队司令由杨月兼任，而日本驻防舰队司令和琉球驻防舰队司令则由吕浩、宋忠担任。
南洋舰队的主要作战范围则包括岭南沿岸，以及吕宋、安南、占城、马六甲、三佛齐等在内的南洋诸国沿海区域。舰队统制由李宝担任，下属五支分舰队。即第一、第二、第三、第四和吕宋驻防舰队。李宝自己兼任第一分舰队统领，菲加任吕宋驻防舰队统领。而第二、第三和第四分舰队则由曹宁、高宠、赵耀担任舰队统领。
同时，岳云还在国防部下开设了一所军事院校，称为台湾军事学院，由岳飞任院长，负责培训军官，训练士兵。
除了这六大部门外，岳云还新设立了两个颇具现代特色的机构：法院和议会。
法院自不必说1,。按岳云的解释，这就相当于大理寺和临安府的那种机构，专司诉讼。同时，延续了之前台湾府的两审终审制。设海外都护府最高法院，院长由张择瑞担任，下设台湾州、琉球州、吕宋州三个州法院。负责处理民间诉讼，由情报部对内调查司查获的贪污渎职官员也由州法院审理。*而军队中的诉讼则有专门的军事法院进行审理。
而议会这个新机构却让众人都摸不着头脑。按岳云的说法，这个议会是将民间一些有声望的人组织起来，让他们参于政府的政策及法律制定，反映民间百姓的诉求。避免高层官员和基层民众脱节。而这些议会的议员由百姓推举。每五年推举一次。
第一届议会的议长由王童担任，以后则由议员选举产生。议员人数暂定为台湾三十名、琉球五名、吕宋五名。以后则按各州的人口比例来确定议员人数。这些议员并不列为政府官员，依然是一般民众，只是因担任议员担搁了他们的日常工作，由政府给予一定补贴。
在讨论海外都护府的政府机构设置时，当岳云提出设立议会，很多人都表示多此一举。而岳云却坚持要求设立。因为他太清楚一个国家有议会，而且是由民众推举的议员组成的议会。对国家的民主进程有多大作用了。
眼下海外都护府政府是一个全新的政府，以年轻人居多，较为能接受新事物。如果把规矩现在就定下来。以后按此框架向其他地方推广就容易得多。
如果现在不抓住良机设立，等以后向内地进军之后。在保守势力和士大夫文人的干扰下，设立议会就更难了。
当然，岳云也深知议会民主虽然遏制了君主独裁，避免出大错，但同时也让决策效率低下，尤其是战争时期，往往会导致战机丧失。所以他现在也仅让议会处于一个反映民情的地位，就连制订法律和政府内政方面的决策也只能参于讨论，决定权仍在自己手中。等到了以后时机成熟时，才进一步提升议会的权力1,。